Храмът е съществувал още преди началото на ХVІ век. В запазения от Дойно Граматик стар псалтир, “печатан във Венеция от Виченца, син на Божидар Вукович, войвода на Подгорица” е записано: “Книгата се подарява на храма “Свети Никола” в 1518 година от някой си Пера”. 
         На 23 април 1800 година, Гергьовден, когато Елена е нападната от кърджалиите, църквата “Свети Никола” била опожарена, а заедно с нея са изгорели и голяма част от книгите, които се съхранавали там.

Без разрешение еленчани се заемат да я възстановят. Изградили храма тайно, за 40 денонощия, като е вкопан в земята, за да не дразни османските власти. Църквата е обновена в сегашния си вид през 1804 г. със средства на по – заможни граждани и труда на населението.

Строежа ръководил хаджи Иван Кисьов, внук на поп Петко Шейтана, който се явил в Цариград пред султанската майка със зелени класове и издействал да бъде освободен Еленския край от данък житнина. Научил, че търновският управител ще нареди проверка дали еленчани строят църква без разрешение, хаджи Иван Кисьов разпоредил в една нощ да измажат стените с вар, размесена с дървени въглища, за да изглежда стара и опушена. Хаджи Иван посрещнал любезно пратениците, дал им по 30 златни рубета, посочил им сградата и казал: “Поздравете от мен войводата и му кажете, че еленчани не строят църква, а поправят стар беглишки харман”. Така, новата църква се „спасила”, станала готова и била осветена на Благовещение – 25 март 1805 година.

Стенописите тук имат изключителна стойност и са обявени за паметници на културата от национално значение. Тук се намират образите на светите Методий Моравски, Георги Нови Софийски, Сава Сръбски и образът на Свети Климент Охридски, който е един от редките в България и Република Македония и има високи художествени достойнства. С голяма художествена стойност са позлатения дървен иконостас и владишкият трон на храма.
         Днес църквата не е действаща, но е част от експозицията на "Възрожденски музеен комплекс" - Елена.